Isabel Díaz Ayuso no tiene hijos biológicos. Ha sufrido la pérdida de dos embarazos, uno de ellos con ocho semanas de gestación, a quien llamaba cariñosamente "Manolito" y con el que tuvo mucha ilusión. Actualmente mantiene una relación con Alberto González, un técnico sanitario divorciado que sí tiene tres hijos de una relación anterior, pero Ayuso no tiene hijos propios.