El río Tajo desemboca en el océano Atlántico en la ciudad de Lisboa, capital de Portugal. En su desembocadura forma un gran estuario conocido como el Mar de la Paja (Mar da Palha en portugués). Este estuario es uno de los más importantes de la península ibérica por su tamaño y relevancia sociodemográfica, e incluye zonas protegidas legalmente como la Reserva Natural del Estuario del Tajo. En Lisboa, el río es atravesado por puentes emblemáticos como el Puente Vasco da Gama y el Puente 25 de Abril, antes de vaciar sus aguas en el Atlántico. La desembocadura cuenta con una biodiversidad destacada y alberga zonas húmedas, islotes y salinas que son hábitats de gran cantidad de aves, siendo un espacio protegido ambientalmente.