For at slippe af med bananfluer skal man både bekæmpe de voksne fluer og fjerne deres ynglesteder. En effektiv metode er at bruge bananfluefælder, som indeholder en væske, der tiltrækker fluerne, som derefter drukner i væsken. Man kan lave en hjemmelavet fælde ved at hælde lidt æblecidereddike i et glas og tilsætte et par dråber opvaskemiddel, som bryder overfladespændingen, så fluerne drukner. Glasset dækkes med plastikfolie med små huller, så fluerne kan komme ind men ikke ud. Samtidig er det meget vigtigt at fjerne kilderne til fluerne, såsom overmoden eller rådden frugt, madrester og madrester i vasken eller skraldespanden. Opbevar frugt i køleskabet eller lukkede beholdere, og hold skraldespanden tæt lukket og tømt regelmæssigt. Rengør køkkenet grundigt, tør overflader af, vask op hurtigt og rens afløb, hvor bananfluer ofte lægger æg. Der findes også færdiglavede bananfluefælder med giftfrit lokkemiddel til salg, som kan være en nem og sikker løsning især hvis der er børn i hjemmet. Insektspray kan bruges til at spraye direkte på fluerne eller i sprækker, hvor de gemmer sig. Sammenfattende er den bedste løsning en kombination af at fjerne tiltrækningskilder og bruge fælder for effektivt at slippe af med bananfluer.