Skæl opstår primært på grund af en overproduktion af hudceller i hovedbunden, hvor døde hudceller afstødes i form af hvide eller gullige flager. En væsentlig årsag til skæl er en overvækst af gærsvampen Malassezia (tidligere kaldet Pityrosporum ovale eller Malassezia furfur), som naturligt lever på hudens overflade. Når denne svamp vokser for meget, kan den forårsage inflammation og øget cellefornyelse, der resulterer i skæl. Derudover kan flere faktorer spille ind, såsom:

• En særlig sensitiv hovedbund.
• Over- eller underproduktion af talg (hudfedt), der kan skabe enten en fedtet eller tør hovedbund.
• Hormonelle forandringer, som ofte ses i puberteten.
• Stress, en usund livsstil, forurening, uegnede hårprodukter og brug af hue.
• Hudsygdomme som skæleksem (seboroisk eksem), psoriasis eller infektioner kan også give skæl.

Skæl er hverken smitsomt eller farligt, men kan være generende og ledsages af kløe. Mænd har ofte større risiko for skæl på grund af højere testosteronniveau og derved højere talgproduktion.