عدد ولايات محافظة مسقط هو ست ولايات. وهذه الولايات هي: مسقط، مطرح، العامرات، بوشر، السيب، وقريات. مركز المحافظة هو ولاية مسقط نفسها. هذا التقسيم هو وفق المرسوم السلطاني رقم (114 /2011) الصادر في 26 أكتوبر 2011، وهو التقسيم الإداري المعتمد حتى الآن في سلطنة عمان. كل ولاية تقوم بإدارة محلية يديرها والي يعينه محافظ مسقط.