الهيدرا تتكاثر بطريقتين رئيسيتين:

1. التكاثر اللاجنسي (الأكثر شيوعاً): يتم عبر التبرعم، حيث يظهر برعم صغير عند بداية الثلث الأخير من الجسم وينمو ويشكل مجسات وفم، ثم ينفصل البرعم عن الجسم الأم ليكون هيدرا جديدة مستقلة. وهذه الطريقة تحدث عندما تكون الظروف البيئية جيدة ويوجد غذاء كافٍ.
2. التكاثر الجنسي: يحدث في ظروف بيئية غير مناسبة مثل انخفاض درجة الحرارة أو نقص الأكسجين في الماء. الهيدرا خناث تحتوي على كل من المبايض والخصى في نفس الفرد، وتنتج الحيوانات المنوية والبويضات، ويحدث الإخصاب في الماء. بعد تكون البيضة المخصبة، تنمو وتتكون يرقانة تعلق بجسم الأم ثم تنفصل لتكون هيدرا جديدة.

أيضاً، الهيدرا يمكنها التجدد، حيث إذا تم قطعها إلى عدة أجزاء، يمكن لكل جزء أن ينمو ليصبح هيدرا كاملة. باختصار، الهيدرا تتكاثر لاجنسياً بالتبرعم في الظروف المثلى، وتتكاثر جنسياً عند تغير الظروف البيئية إلى ظروف غير مناسبة، كما تمتلك قدرة على التجدد من الأجزاء المقطوعة.