توفيت السيدة سكينة بنت الإمام الحسين عليها السلام في 5 ربيع الأول سنة 117 هـ، وذلك في المدينة المنورة في زمن حكم الخليفة الأموي هشام بن عبد الملك. وقد ذكرت المصادر التاريخية أنها توفيت بالمدينة، وهناك خلاف في أماكن قبرها، إلا أن الغالبية تقول إنها دفنت في المدينة المنورة. أما عن سبب الوفاة فالمصادر لا توضح سببًا محددًا مفصلاً، لكنها تشير إلى أنها عاشت بعد مأساة كربلاء وتأثرت بها كثيرًا، وكانت معروفة بسيرتها الطيبة واهتمامها بالعلم والدين حتى وفاتها.