في سنة الفجر، السنة أن يقرأ المصلي في الركعتين بعد الفاتحة سورتين: في الركعة الأولى سورة "قُلْ يَا أَيُّهَا الْكَافِرُونَ" وفي الركعة الثانية سورة "قُلْ هُوَ اللَّهُ أَحَدٌ" (الإخلاص). وهذه القراءة مستندة إلى ما فعله النبي محمد صلى الله عليه وسلم. وهناك أيضاً سنة ثانية في القراءة في سنة الفجر وهي قراءة آيتين من سورتي البقرة وآل عمران، وهما الآية "قُولُوا آمَنَّا بِاللَّهِ وَمَا أُنْزِلَ إِلَيْنَا" من سورة البقرة في الركعة الأولى، و"قُلْ يَا أَهْلَ الْكِتَابِ تَعَالَوْا إِلَى كَلِمَةٍ سَوَاءٍ بَيْنَنَا وَبَيْنَكُمْ" من سورة آل عمران في الركعة الثانية. يمكن قراءة إحدى هاتين السنتين في سنة الفجر، وأفضل اتباع النبي في التنويع بينهما، وإذا قرأ بغير ذلك فلا حرج. بعض العلماء أباحوا الاقتصار على قراءة الفاتحة فقط، لكن هذا أقلٌ في السنة وأفضل القراءة مع السورتين أو الآيتين المذكورتين. سنة الفجر تُصلى ركعتين قبل صلاة الفجر، وهي سنة مؤكدة وفضلها عظيم حيث قال النبي إن ركعتي الفجر خير من الدنيا وما فيها. باختصار، الأكثر اتباعاً للسنة قراءة بعد الفاتحة في السنة ركعتي الفجر:

• الركعة الأولى: سورة الكافرون (قُلْ يَا أَيُّهَا الْكَافِرُونَ)
• الركعة الثانية: سورة الإخلاص (قُلْ هُوَ اللَّهُ أَحَدٌ)

أو

• الركعة الأولى: آية "قُولُوا آمَنَّا بِاللَّهِ وَمَا أُنْزِلَ إِلَيْنَا" من البقرة
• الركعة الثانية: آية "قُلْ يَا أَهْلَ الْكِتَابِ تَعَالَوْا إِلَى كَلِمَةٍ سَوَاءٍ" من آل عمران

وهذا هو المستحب اتباعه في سنة الفجر.