في صلاة الشفع والوتر، يُستحب قراءة سور معينة بعد الفاتحة كما ورد في السنة. في صلاة الشفع التي تتكون من ركعتين تُقرأ في الركعة الأولى سورة الأعلى، وفي الركعة الثانية سورة الكافرون، ثم يُسلم. بالنسبة لصلاة الوتر وهي ركعة واحدة، يقرأ بعد الفاتحة سورة الإخلاص أو قل هو الله أحد. وهذه القراءة مستندة إلى ما كان يقرأه النبي صلى الله عليه وسلم، كما ورد في الأحاديث الصحيحة التي أوردها علماء الحديث والفقه، وهي:
- في الركعة الأولى من الشفع: سورة الأعلى
- في الركعة الثانية من الشفع: سورة الكافرون
- في ركعة الوتر: سورة الإخلاص (قل هو الله أحد)
بالإضافة إلى أن الوتر له أدعية مخصوصة يُستحب قراءتها بعد القراءة. يمكن أيضاً أداء الشفع والوتر بصلاة ثلاث ركعات متصلة أو منفصلة بحسب الطريقة المتبعة. هذه الطريقة هي الأكثر شيوعًا وصحة واتباعًا لهدي النبي صلى الله عليه وسلم في أداء صلاة الشفع والوتر.