في صلاة الوتر، السنة لمن يصلي ثلاث ركعات أن يقرأ بعد الفاتحة في الركعة الأولى سورة "سبح اسم ربك الأعلى"، وفي الركعة الثانية سورة "قل يا أيها الكافرون"، وفي الركعة الثالثة سورة "قل هو الله أحد". وبعض العلماء يستحب إضافًة قراءة المعوذتين (سورة الفلق وسورة الناس) بعد الإخلاص في الركعة الثالثة، وهذا بناءً على بعض الأحاديث المرفوعة، لكن الأصح الاقتصار على سورة الإخلاص فقط في الركعة الأخيرة. أما في الوتر بركعة واحدة، فيجوز قراءة سورة الإخلاص فقط أو الإخلاص مع المعوذتين، أو ما شاء المصلي من القرآن، لأنه لا يوجد تحديد ثابت في هذه الحالة. بصفة عامة، قراءة الفاتحة وسورة بعدها في كل ركعة من الوتر سنة متفق عليها. هذه القراءة مأخوذة عن أبرز الأحاديث النبوية والروايات في الموضوع، ورأي كبار الفقهاء كابن قدامة والمالكية والشافعية وغيرهم.