La esposa de Héctor Noguera es Claudia Berger Gradenwitz. Ella es profesora y productora de televisión chilena, y fue su pareja durante más de cuatro décadas. Noguera y Berger comenzaron su vida en común en 1980 y formaron una familia amplia con cuatro hijos (Diego, Emilia, Damián y una hija llamada Claudia que falleció poco después de nacer). Esta relación fue central para el actor y fue mencionada en diversas entrevistas y perfiles mediáticos tras su fallecimiento.