سمي البحر الأحمر بهذا الاسم لعدة أسباب تاريخية وطبيعية. من أبرز الأسباب أنه يحتوي على نوع من الطحالب الموسمية يسمى "Trichodesmium erythraeum" ذات اللون الأحمر التي تعطي سطح الماء لونا يميل إلى الأحمر خصوصا عند الغروب. كما رجح البعض أن تسمية البحر ترجع إلى اللون الأحمر لسلاسل الجبال المحيطة به خاصة في الناحية الغربية أو بسبب الصحراء الشرقية المصرية التي كانت تسمى "الأرض الحمراء". هناك أيضاً تفسير لغوي قديم يشير إلى أن اللون الأحمر كان يعبر في بعض اللغات الآسيوية عن الاتجاه الجنوبي، ومن هنا جاء اسم البحر الأحمر كتشبيه للاتجاه الجنوبي مقارنة بالبحر الأسود الذي يدل على الشمال. تاريخياً، كان العرب يسمونه بحر القلزم نسبة إلى مدينة القلزم القديمة. هذه التفسيرات مجتمعة توضح أن اسم "البحر الأحمر" له أصول متعددة بين الطبيعيات والجغرافيا واللغات القديمة.