في صلاة الاستخارة، يقرأ المصلي ما يشاء من القرآن الكريم، ولكن يستحب قراءة سورة "قُلْ يَا أَيُّهَا الْكَافِرُونَ" في الركعة الأولى بعد الفاتحة، و"قُلْ هُوَ اللَّهُ أَحَدٌ" في الركعة الثانية بعد الفاتحة. بعد الانتهاء من الصلاة، يدعو المصلي بدعاء الاستخارة المعروف عن النبي صلى الله عليه وسلم، والذي يبدأ بـ:
"اللهم إني أستخيرك بعلمك، وأستقدرك بقدرتك، وأسألك من فضلك العظيم..." ويذكر في الدعاء الأمر الذي يريد الاستخارة فيه، ثم يستمر بالدعاء بأن يقدر الله له الخير ويسره، وإذا كان الأمر شرًا فأن يصرفه عنه، ويرضيه بما قدره الله عليه. يمكن أيضًا زيادة قراءة بعض الآيات في الركعتين، مثل قول الله تعالى في الركعة الأولى من سورة القصص (68-70) وفي الركعة الثانية من سورة الأحزاب (36)، لكن هذا مستحب وليس فرضًا. هذه هي الطريقة المأثورة والمستحبة في أداء صلاة الاستخارة وقراءة ما يتبعها من دعاء.