يمكن الصلاة صلاة الاستخارة في أي وقت من الليل أو النهار، ولكن يستحب أن تكون في الثلث الأخير من الليل، وذلك لأن هذا الوقت هو وقت إجابة الدعاء كما ورد في السنة النبوية. يصلي المسلم ركعتين من غير الفريضة، يقرأ في كل ركعة الفاتحة وما تيسر من القرآن، ثم يدعو بدعاء الاستخارة المروي عن النبي صلى الله عليه وسلم. من المهم تجنب أوقات النهي مثل بعد صلاة الفجر مباشرة، وبعد صلاة العصر، وكذلك في وقت زوال الشمس، ولكن إذا اضطر المسلم لأدائها في هذه الأوقات فلا حرج عليه. صلاة الاستخارة تكون حين يشعر الإنسان بالتردد بين أمرين مباحين في حياته، كاختيار الزواج أو السفر أو غيرها، ثم يصليها ويسأل الله أن ييسر له الخير ويصرف عنه الشر.