صلاة الاستخارة تكون ركعتين فقط، من غير الفريضة، وهذا هو سنة النبي صلى الله عليه وسلم كما ورد في الحديث الصحيح: "إذا هم أحدكم بالأمر فليصل ركعتين من غير الفريضة ثم يدعو بدعاء الاستخارة". يجوز أن يصلي أكثر من ركعتين، ولكن الأصل والمستحب هو ركعتان، وقد قال ابن حجر أن المستخير لو صلى أكثر من ركعتين أجزأه. في صلاة الاستخارة يمكن قراءة سورة الكافرون في الركعة الأولى وسورة الإخلاص في الركعة الثانية، ثم يُسلم عن يمينه وشماله، ثم يدعو بالدعاء المعروف عن النبي صلى الله عليه وسلم. وبعد الانتهاء من الصلاة، يرفع اليدين ويدعو بدعاء الاستخارة الذي يبدأ بـ: "اللهم إني أستخيرك بعلمك وأستقدرك بقدرتك وأسألك من فضلك العظيم..." ويذكر المستخير الأمر الذي يريد الاستخارة فيه. صلاة الاستخارة لا تقتصر على وقت معين من اليوم إلا في الأوقات المنهي عن الصلاة فيها، مثل بعد صلاة الفجر إلى ما بعد شروق الشمس بقليل، وقبل صلاة الظهر، وبعد العصر وحتى المغرب. وبهذا يكون عدد ركعات صلاة الاستخارة ركعتان، وهذه السنة المعروفة والمعتبرة في الفقه الإسلامي.